Trong đầu năm 1970, Đảng Cộng sản Malaysia trải qua một đại khủng hoảng trong đảng. Tranh chấp nội bộ bắt nguồn từ những vấn đề phản gián do Chi nhánh Đặc biệt sắp đặt, gây ra xung đột nghiêm trọng giữa những thành viên Đảng Cộng sản Malaysia. Trong giai đoạn này, có tường thuật rằng những tay sai và điệp viên của chính phủ đã xâm nhập thành công tổ chức Đảng Cộng sản Malaya. Theo tường thuật thì những "điệp viên" có âm mưu tiến hành một đảo chính trong đại bản doanh của Đảng Cộng sản Malaya. Theo Trần Bình, những nhà điều tra phản gián do Ủy ban Trung ương Đảng bổ nhiệm báo cáo rằng họ tin là 90% tân binh người Thái gốc Hoa gia nhập đảng từ năm 1960 trở đi là những điệp viên chính phủ.[31]

Những thành viên trong cánh quân sự bắt đầu cáo buộc lẫn nhau là điệp viên chính phủ, sự phản bội trong hàng ngũ du kích được nhìn nhận là tội nghiêm trọng nhất chống đảng và thường được trừng phạt bằng cách hành quyết. Tại những phiên tòa trong rừng do tập thể lãnh đạo Đảng Cộng sản Malaya tổ chức, một lượng lớn du kích từ Đại bản doanh và doanh trại Betong Đông bị kết tội là tay sai của đối thủ. Tuy nhiên, nhóm Sadao và Betong Tây từ chối tiến hành những phiên tòa như vậy, từ chối tuân lệnh Ủy ban Trung ương Đảng. Họ còn cáo buộc rằng Ủy ban Trung ương Đảng nằm dưới quyền kiẻm soát của những tay sai chính phủ.[32]

Năm 1970, một cuộc đấu tranh lãnh đạo trong Đảng Cộng sản Malaya dẫn đến sự xuất hiện của hai phe ly khai: Đảng Cộng sản Malaya–Marxist – Leninist (CPM–ML) và Phái Cách mạng (CPM–RF). Điều này khiến cho phong trào cộng sản tại Malaysia bán đảo bị tách thành ba nhóm khác biệt, có lực lượng vũ trang và tổ chức ngoại vi riêng.[15] Quân đội Giải phóng Dân tộc Malaya tại phần phía bắc của Malaysia gần biên giới Thái Lan nằm tại ba địa điểm. Ủy ban Trung ương Đảng Cộng sản Malaya tồn tại cùng nhóm Betong Đông, và hai nhóm khác nằm tại Betong Tây và Sadao.[17] Khi khủng hoảng trở nên tệ hơn, nhóm tại Sadao ly khai khỏi các nhóm chính của Đảng Cộng sản Malaysia và tự tuyên bố họ là Phái Cách mạng Đảng Cộng sản Malaya (RF). Sau đó, nhóm Betong Tây tự xác định là Đảng Cộng sản Malaya "Marxist-Leninist" (M-L) và sau đó đổi tên cánh du kích của họ thành Quân Giải phóng Nhân dân Malaya (MPLA).[17]

Năm 1973, Đảng Cộng sản Malaya thi hành một chiến lược mới, kêu gọi phối hợp hành động quân sự với các tổ chức ngoại vi. Đến tháng 1 năm 1975, Đảng Cộng sản Malaya cũng ban một chỉ thị thứ nhì, kêu gọi năm 1975 là "một năm mới chiến đấu". Sau những chỉ thị này, các hoạt động của Đảng Cộng sản Malaya tăng cường tại Malaysia trong năm 1974 và 1975, mặc dù chưa đến mức độ như thời kỳ Tình trạng khẩn cấp. Theo một ước tính của CIA vào tháng 4 năm 1976, các hoạt động tăng cường của Đảng Cộng sản Malaysa nhằm mục đích biểu thị cho chính phủ Malaysia và công chúng rằng họ vẫn quyết tâm duy trì đấu tranh cách mạng bất chấp việc Malaysia và Trung Quốc thiết lập quan hệ ngoại giao vào tháng 6 năm 1974.[15]

Người ta phát hiện ra rằng các nhóm Betong Tây và Sadao ngừng tồn tại không lâu sau khi họ ly khai khỏi nhóm chính. Những nhóm này nhận ra rằng cuộc đấu tranh vũ trang của họ không thể giành được bất kỳ thành công nào. Các nhóm Betong Tây và Sadao sau đó quyết định đầu hàng chính phủ Thái Lan vào đầu năm 1987.[33] Sau đó, cuộc đấu tranh vũ trang và các hoạt động quân sự trở nên suy yếu và tan rã do không có mục đích chính trị hoặc quân sự rõ ràng.[34]

Đến tháng 4 năm 1976, các nguồn chính phủ Malaysia và CIA ước tính rằng có ít nhất 2.400 phiến quân cộng sản tại Malaysia bán đảo: 1.700 thành viên trong Đảng Cộng sản Malaysia nguyên bản, 300 trong CPM-RF, và 400 trong CPM-ML. Bất chấp những nỗ lực của MCP nhằm tuyển mộ các thành viên Mã Lai mới, theo ước tính vào năm 1976 có chưa đầy 5% thành viên của tổ chức là người Mã Lai có nguồn gốc từ Malaysia. Trong khi đó, ước tính có 69% thành viên của Đảng Cộng sản Malaya là người Hoa và 57% thành viên của Đảng này là công dân Thái – bao gồm cả người gốc Hoa và Mã Lai.[15]